Из всех исторических событий, свидетелем которых стал Эрмитаж, ни с чем не сравнимыми и значительными в истории музея стали годы Великой Отечественной войны и блокады города. Силами сотрудников музея, с помощью многочисленных ленинградцев, художников, студентов, военнослужащих, коллекции в кратчайший срок были подготовлены к эвакуации. Спасению величайших ценностей культуры и искусства было отдано пристальное внимание правительства страны, всех руководящих ленинградских организаций. Спасали не просто музейные ценности, спасали искусство. В июле 1941 года двумя эшелонами в глубокий тыл (Свердловск) было вывезено 1.118.000 экспонатов, находившихся под наблюдением научных сотрудников. Третий эшелон уйти не смог – вокруг Ленинграда соединилось кольцо блокады. Оставшиеся экспонаты, вместе с поступившими на хранение в Эрмитаж из других музеев города, были укрыты под крепкими сводами подвалов. На местах пребывали лишь такие гиганты, как статуя Юпитера, Колывановская ваза, фреска работы Фра Анжелико, небольшое количество других памятников, перенос которых угрожала их сохранности. В опустевших залах – бочки с водой, груды песка и различный противопожарный инвентарь да осиротевшие витрины и рамы, со специально оставленными на них этикетками.
В исключительно мучительных условиях блокады, под обстрелами и бомбежками, причинявшими музею большие повреждения, день за днем свершали свой подвиг сотрудники Эрмитажа. Эрмитаж сильно претерпел от войны. Две бомбы и 32 снаряда попали в здания музея. Снарядами были повреждены портик с гранитными атлантами и Двенадцатиколонный зал Нового Эрмитажа, Петровский зал, разрушена часть Гербового зала и перекрытий Растрелливской галереи; ущерб был нанесен Большому залу Невской анфилады и Главной лестнице. Осколки изрешетили крыши. Взрывными волнами были вышиблены почти все окна - около двух гектаров стекла. Блокадный холод, перепады температур, вместе с немецкими снарядами, вели наступление на музейные помещения. В ноябре 1944 года в Павильонном зале и галереях второго этажа Малого Эрмитажа, после снятия блокады, но еще в военных условиях, открылась «Временная выставка предметов искусства, оставшихся в Ленинграде во время блокады».
10 октября 1945 года коллекции вернулись из эвакуации, и 8 ноября 1945 года Эрмитаж возобновил свою регулярную деятельность.
